Здание Озерского технологического института (проспект Победы, 48)
С 1991 по 2006 год МБОУ «Лицей №39» располагалось в здании Озерского технологического института филиала Московского инженерно-физического института по проспекту Победы, 48. Первоначально лицей занимал несколько аудиторий на 1-ом этаже и по одной аудитории на 2-ом и 3-ем этажах этого здания. Однако, начиная с 2003 года, когда в лицей стали поступать учащиеся с 5 класса возникла необходимость увеличения площадей. Младшие классы стали размещаться в помещениях Южно-Уральского политехнического колледжа, но места все равно катастрофически не хватало.
Здание по улице Матросова, 2
В 2006 году лицей переехал в здание бывшей вечерней школы по улице Матросова, 2, доставшееся в наследство от переехавшей на улицу Уральскую школы №29. В рекордные сроки силами родителей, учащихся и педагогов был сделан ремонт и начат учебный процесс. Однако новое здание не решило старых проблем, а наоборот, добавило новых. В здании отсутствовали столовая, спортивный зал, мастерские. Ежегодное увеличение числа учащихся вновь обозначило проблему необходимости увеличения учебных площадей.
Здание МБОУ СОШ №27 (улица Горная, 10)
В 2009 году администрацией Озерского городского округа было принято решение передать лицею 1-ый этаж только что отремонтированного старого здания МБОУ СОШ №27. Здесь с комфортом, пользуясь столовой, спортивным залом и мастерскими МБОУ СОШ №27, разместились учащихся 5-6 классов. Однако это вызвало определенные трудности в организации образовательного процесса в целом, учителя были вынуждены постоянно перемещаться из одного здания в другое, иногда и несколько раз в день. Все с нетерпением ждали переезда в новое здание, чтобы снова быть всем вместе.
В 2015 году всеобщая мечта осуществилась и лицей переехал в новое просторное здание по улице Уральской, 15.
Здание по улице Уральской, 15 в 80 годы
Бывшее здание школы №34 построено в 1957 году. На крыльце здания установлен бюст Героя Советского Союза Юрия Смирнова, имя которого школа №34 носила в 1960-1970-е годы. 1 мая 1979 года учениками школы была заложена кедровая роща в честь героев, погибших в годы Великой Отечественной войны. До наших дней эта роща не сохранилась.
В июле 2003 года на чердаке школы №34 случился пожар, из-за которого здание вышло из строя, а учебный процесс был перенесен в здание по Комсомольскому проезду, 9 в здание расформированной школы №28. Затем, после капитального ремонта, в здании по ул. Уральская, 15 располагались классы школы №29. (по материалам книги Ю.Б. Клепиковой, Г.А. Чернецкой «Наш Озерск от А до Я»)
Современный вид здания МБОУ «Лицей №39» (ул. Уральская, 15)
В июне 2015 года снова начался переезд, за которым последовал ремонт. И вновь активное участие детей, родителей, учителей, спонсоров, Фонда поддержки и развития МБОУ «Лицей №39» в рекордно короткие сроки позволило подготовить здание к новому учебному году и торжественно распахнуть его двери 1 сентября 2015 года. Прекрасное светлое здание, впервые за много лет достаточное количество учебных площадей, собственные столовая, спортивный зал, мастерские, расположенные в отдельных кабинетах лаборатории химии и физики, в этом здании есть все, чтобы получать новые знания, дружить, творить, ставить новые цели и достигать их.