МБОУ «Лицей №39» – самая молодая образовательная организация Озёрска. В 1990 г. городской отдел народного образования объявил конкурс на лучшую модель нового образовательного учреждения. Н.М. Турлюн, заведующая ГОРОНО, С.Г.Лисицын, директор отделения №1 МИФИ; Л.Н. Грушевая, методист ГОРОНО, создали проект такого учреждения на базе отделения №1 МИФИ г. Озёрска. А. Н. Подольский, глава города в 1991-1998 гг., 16 мая 1991 года утвердил решение № 504, главным пунктом которого было открытие 1 сентября 1991 года колледжа при отд. № 1 МИФИ. Так началась история лицея.
В 1991 г. были набраны первый 10-й и два 9-х класса, начали формироваться лицейские традиции: выбран девиз «Интеллигентность и интеллектуальность»; учащиеся I выпуска Иванов Дмитрий и Грушевой Сергей разработали эмблему «Колледжист», ставшую логотипом лицея; лауреаты Ильменского и Грушинского фестивалей авторской песни Анна и Джесси Мара сочинили гимн «Bon voyage», который исполняется на всех торжественных мероприятиях.
В 1993 г. состоялся первый в истории колледжа выпускной. 01.01.1997 г. «Колледж при отделении №1 МИФИ» переименован в «Физико-математический лицей №39 при отделении №1 МИФИ». С 1993 по 2000 г. выпускные экзамены колледжа/лицея приравнивались к вступительным в ОТИ МИФИ, и большая часть выпускников тех лет успешно училась в том же здании, т.к. с 1991 по 2006 г. лицей располагался в здании Озерского технологического института филиала Московского инженерно-физического института. Однако начиная с 2003 года, когда в лицей стали поступать учащиеся с 5 класса, возникла необходимость увеличения площадей.
В 2006 г. лицей переехал в здание бывшей вечерней школы по улице Матросова, 2, доставшееся в наследство от переехавшей на улицу Уральскую школы №29. В рекордные сроки силами родителей, учащихся и педагогов был сделан ремонт и начат учебный процесс. Однако новое здание не решило старых проблем, а, наоборот, добавило новых. В здании отсутствовали столовая, спортивный зал, мастерские. Ежегодное увеличение числа учащихся вновь обозначило проблему необходимости увеличения учебных площадей. В 2009 г. администрацией Озерского городского округа было принято решение передать лицею 1-ый этаж только что отремонтированного старого здания МБОУ СОШ №27. Здесь с комфортом, пользуясь столовой, спортивным залом и мастерскими МБОУ СОШ №27, разместились учащихся 5-6 классов, однако это вызвало определенные трудности в организации образовательного процесса.
В 2015 г. лицей переехал в новое просторное здание по улице Уральской, 15. Достаточное количество учебных площадей, собственные столовая, спортивный зал, мастерские, расположенные в отдельных кабинетах лаборатории химии и физики – в этом здании есть все, чтобы получать новые знания, дружить, творить, ставить новые цели и достигать их.
Ученики лицея успешно участвуют в региональном и областном этапах Всероссийской олимпиады школьников, побеждают в международном конкурсе «Одиссея разума», занимают первые места в российских и международных турнирах ораторского мастерства при Урало-Сибирской Федерации ЮНЕСКО. Под руководством шефов – Центральной заводской лаборатории ПО «Маяк» – лицеисты занимаются исследовательским проектированием, научной деятельностью, участвуют во Всероссийских и международных форумах и конференциях.
Ежегодно обучающиеся лицея показывают высокие результаты Единого государственного экзамена, в том числе получая максимальные баллы по различным предметам.
В 2017 и 2018 гг. ученицы лицея А.Белоусова и З. Санникова стали победителями муниципального и обладателями специальных призов областного конкурса «Ученик года».
И в летние каникулы не прекращается образовательно-воспитательный процесс. На базе лицея организован лагерь «Юный исследователь», где под руководством учителей-наставников ребята проводят занимательные химические и физические опыты, изучают свойства растений, конструируют, занимаются творчеством.
В 2014 г. лицей стал победителем областного конкурса «Современные образовательные технологии» в номинации «Лучший педагогический коллектив»; неоднократно входил в ТОП-200, ТОП-300 и ТОП-500 лучших школ России (2016, 2017, 2018 г.).
МБОУ «Лицей №39» является школой – участницей сети атомклассов и школьных технопарков, созданных, создаваемых и функционирующих в рамках проекта «Школа Росатома».